בקרבת הים, בסמוך לשכונות נווה צדק ומנשייה פעלה במקום בין השנים 1892-1948 תחנת הרכבת המיתולוגית בין יפו לירושלים. קו רכבת זו היה הראשון שנבנה במזרח התיכון והפך לאמצעי התחבורה הראשון שהחליף את השיטה הסטנדרטית של אותם ימים להעבי משאות למרחקים ארוכים באמצעות פרדות.

היה זה משה מונטיפיורי שהגה את הרעיון להקמת קו הרכבת והציע זאת כבר בשנות ה-50 של המאה ה-19,כחלק משאיפותיו לפתח בארץ ישראל תעשייה מודרנית והקשיים של אותם ימים בשל המחסור באמצעים להובלת מכונות וחומרי גלם.

לאחר זמן רב, רבויי בשאיפות של יוזמות עסקיות, חזון ופוליטיקה בינלאומית, החליט בשנת 1888 הסולטן התורכי עבד אל-חמיד השני להעניק למר יוסף נבון, עסקן יהודי מירושלים, זיכיון להקמה והפעלה של קו הרכבת. נבון לא הצליח לגייס את המימון הנדרש להקמת המסילה ולכן נמכר הזיכיון לחברה צרפתית, אשר הקימה לבסוף את קו הרכבת והיא זו שבנתה לבסוף בנתה את התחנות שלאורכו.

בניית קו הרכבת הושלמה בתוך כשנתיים ובסיומה החל עידן התחבורה המודרנית בארץ ישראל. הקו נחנך ביום שני, ה' בתשרי תרנ"ג (26/9/1892), בטקס מפואר ורב משתתפים שנערך דווקא בתחנת הרכבת בירושלים, מיד עם הגעתה של הרכבת הראשונה מיפו. אליעזר בן-יהודה, היה זה שהעניק אז שם חדש לאותה שיירת קרונות שקטר בראשה: רַכֶּבֶת.

בשנותיו הראשונות פעל קו הרכבת בתדירות נמוכה של רכבת אחת בכל כיוון, פעם ביום, ומחיריהם של כרטיסי הנסיעה בקו היו 50 גרוש במחלקה הראשונה ו-30 גרוש במחלקה השנייה.

באותה התקופה ידעה הרכבת עדנה רבה, שלמרות איטיותה (נסיעה מיפו לירושלים ארכה 4 שעות) שימשה מספר הולך וגדל של סוחרים, תיירים, וצליינים ובהם גם חוזה המדינה בנימין זאב הרצל ופמליית הקיסר הגרמני וילהלם השני.

עם השנים גדל מספר הנוסעים ברכבת ובכל שנת 1896 הובילה הרכבת כ-70,000 נוסעים וכ-16,000 טון משא. בכל שנת 1913, ערב מלחמת העולם הראשונה, עברו בתחנה כ-183,000 נוסעים וכ-48,000 טון משא. התחנה ביפו פעלה באופן סדיר וללא תקלות מיוחדות וזאת עד ערב מלחמת העצמאות.

בשנותיה האחרונות שימשה בעיקר את הצבא הבריטי, שהקים מחנה צבאי בכל שטח התחנה ובסביבתה הקרובה. בתקופת המנדט הבריטי היה זה ארגון האצ"ל שפעל לגירוש השלטון הבריטי מארץ ישראל ורצה לנצל את השימוש הבריטי בקו הרכבת לביצוע פעולה צבאית ברציף התחנה בירושלים. המבצע שכבר יצא לפועל כשל ברגע האחרון וזאת ככל הנראה בגלל הלשנה של סוכן כפול בארגון…

בשנת 1902 קבע הטמפלרי הוגו וילנד את ביתו בסמוך לתחנת הרכבת ולצידו בנה את בית החרושת לייצור מרצפות ולבנים. הקרבה לתחנת הרכבת אפשרה לוילנד לשנע את תוצרתו ביעילות לירושלים ולנמל יפו ומשם, באוניות, לחו"ל.

כיום משתרע מתחם תחנת הרכבת על שטח של כ-20 דונם (כ-5,500 מ"ר) ובו 22 מבנים מתקופות שונות המשוחזרים בהקפדה רבה. מתחם התחנה כולל בין השאר את מבני תחנת הרכבת ההיסטורית, את בית משפחת וילנד הטמפלרית ואת בית החרושת שלה, שייצר מרצפות מצוירות ומוצרי בניה ממלט.